沈万三听说朱元璋要修复南京城墙后，主动捐献全部费用的三分之一，然后提出帮朱元璋犒赏军队，没想到这个举动让朱元璋大怒，认为沈万三有谋反行为，下旨砍头，后改发配云南，然而在发配中就驾鹤西去了。
朱元璋并没有放过沈万三家族，在1393年爆发的蓝玉案中将沈万三后人一网打尽，财富也全部充公。
沈万三绝后了吗
没有绝后。
沈万三从江南巨富到家破人亡，都发生在明朝洪武年间。一桩蓝玉案，牵涉就不再是什么私情事，立时三刻变成要案。结果，不但顾学文，连同他的父亲和兄弟被杀，连他的妻族，包括沈万三的儿子沈旺在内的一大批人，都杀掉了。梁氏亦被其父逼令自缢。这件事从洪武二十六年起到洪武三十一年才平息。 从此，沈万三家族彻底败落了。但是朱元璋没有将沈万三赶尽杀绝，沈家留有后人，香火得以传续。朱元璋已经仁至义尽。
沈万三，本名沈富，字仲荣，俗称万三，万三者，万户之中（第）三秀，所以又称万三秀，作为巨富的别号。 元末明初商人、巨富。吴兴南浔（今属浙江湖州）人， 元至顺间随父沈佑迁居平江路长洲县东蔡村（今江苏昆山周庄东垞）至今，苏南、浙北、安徽一带仍广泛流传着关于沈万三发财、豪奢、田产、经商以及家庭生活诸方面的许多故事和传说。
由于沈万三平时不知道收敛、炫富、露富，这引起了朱元璋的羡慕嫉妒恨了。同时，因为朱元璋出身贫寒，做过乞丐和和尚，所以他特别能同情民间疾苦，对于贪污深恶痛绝，明朝公务员的工资也因此比宋朝要少很多。在朱元璋看来，商人是剥削阶层，是不利已国家稳定的，是不利于人民福祉的，所以他抑制商人，将首富沈万三干掉，也是在情理之中了。
他当年帮朱元璋修筑了三分之一的南京城，功不可没。后来他又老毛病犯了，居然自告奋勇的要出资犒劳军队，结果惹恼了朱元璋脆弱的自尊心，朱元璋认为他是故意展示财富，故意挑战皇帝的权威。说沈万三有谋反之心。当然这都是子虚乌有的恫吓，眼看沈万三要吃大亏，多亏了马皇后的求情，才免其死罪，死罪以免，活罪不免，沈万三被皇帝朱元璋发配云南边陲了。
沈万三在云南边陲度过了一生中最后的岁月，沈万三于1392年追随张三丰到福泉山修道，后逝于平越，1393年，沈万三仙逝后安葬于福泉山（贵州省福泉市福泉山下，现如今福泉山下仍有沈万三墓）。
沈万三至少有三个儿子，除了《吴江县志》提到的”二子茂、旺“之外，还有一个儿子叫作沈荣。当初沈万三被朱元璋问责，他的儿子也受到了牵连，整个沈家迅速衰退下去。后世学者考查发现，当年沈万三为避祸，应当还分了一部分后人出去。 天龙屯堡（饭陇铺）的沈氏家族，是沈万三之二子沈茂一系，沈家大院就是沈茂居住处。由于历经岁月风霜，当年的大院早己失去了昔日的富丽堂皇。但从其结构、布局和精巧的木雕门窗来看，仍会感到与周庄的沈厅十分相像，特别是“敬业堂”更是古香古色。尽管这里比不上江南水乡的沈厅气派，但在贵州的大山中能建造这样院落实在不易。 由于当年的隐瞒，数百年下来，沈万三的后裔们只知入滇先祖是沈秀或沈富、沈仲荣，却不知沈仲荣就是沈万三。
为了保护家族血脉，沈族隐姓埋名，但为了表示不忘祖。沈家定下了一些祖训：如始终居住在一个屯堡里面；供奉财神即“沈万三”；以藏着密码的族谱排序；世代经商等等。为了保护其余的家族不受牵连，沈家不与另三家通婚；至于四大家族中第四个姓——张，有可能是张士诚的后代，因为历史记载，沈万三和张士诚过从甚密，并一直庇护着张族后人。也许沈家祖先的种种顾虑是对的，100年之中（恰好为5代左右），在江南的沈氏前后遭到数次抄家灭门，沈氏一门逐渐式微。而延续在贵州的这支，却依然十分完整地保存着。甚至，今天，他们的衣着、言谈和举止都带着500多年前的习惯。
